1928年，杨增新被刺杀，金树仁攫取了新疆的统治政权。1933年，迪化发生“四·一二”政变，赶走了金树仁，军阀盛世才取而代之。

盛世才为了巩固自己的政权，提出了“民族平等”和“民主自由权利”以及废除金树仁对人民的某些封建压迫等政策。中国共产党人根据团结一切抗日力量的民族统一战线政策，从1937年起，陆续派出上百名共产党员到新疆工作，帮助盛世才制定和实行“反帝、亲苏、民平（民族平等）、清廉、和平、建设”的“六大政策”，使新疆出现了蒸蒸日上的新气象。

但是，随着国际、国内形势的变化，盛世才的法西斯面目日益明显地暴露出来，其反苏、反共、反人民的活动也愈来愈露骨。1942年，盛世才撕下伪装公开投靠国民党反动派，背信弃义地捏造了所谓的“阴谋暴动案”，大肆捕杀共产党人和进步人士，白色恐怖笼罩了整个新疆，国民党反动势力也随之伸入新疆。1943年，国民党在新疆建立省党部，国民党军队也进入新疆。1944年秋，国民党即正式取代盛世才，进一步推行民族压迫和恐怖的特务统治，横征暴敛，使新疆各族人民的生活濒于绝境，迫使伊犁、塔城、阿山（今阿勒泰）三区各族人民走上武装反抗的道路。

1944年9月，巩哈县（今尼勒克）农牧民在乌拉斯台发动了以反对献马为导火索的武装暴动，袭击了反动政府的警察和驻军，并迅速占领县城，从而揭开了各族人民反对国民党反动派统治的革命斗争的序幕，吹响了伊、塔、阿三区革命的号角。随之伊宁、绥定、宁西（今察布查尔）、霍城、昭苏等县也相继为游击队所占领。11月12日，各地起义的代表在伊宁召开会议，宣布成立三区革命临时政府。1945年4月8日又正式建立了革命武装－－民族军。同时，塔城、阿勒泰等地各族群众也揭竿而起，革命的烈火在三区各地燃烧起来。到1945年秋，民族军和起义群众已基本控制了三区，并一直打到玛纳斯河边，矛头直指迪化（今乌鲁木齐）。加上国际、国内局势向着有利于革命方面发展，国民党当局被迫接受和平谈判。10月12日，三区代表赖希木江·沙比尔、阿合买提江·哈斯木、阿不都海依尔·吐烈到迪化同国民党代表举行谈判。经过激烈争论，到1946年6月，全面签订了11项和平条款和两个附件。并根据条款规定，改组省政府，于7月1日成立了联合省政府，颁了新的施政纲领。

但是，国民党反动派根本没有实施和平、民主的诚意。在全国，他们悍然撕毁《双十协定》，向解放区大举进犯；在新疆，他们同样凶相毕露，撕毁和平条款，进而于1947年2月制造血腥的“二·二五”事件，破坏和平条款，并阴谋杀害三区革命领导人，又擅自改组省联合政府，三区代表被迫退出联合政府，撤回伊宁。之后，国民党反动派又在三区周围不断调集兵力，实行封锁政策，还唆使乌拉斯满匪帮进行武装破坏活动，妄图瓦解和消灭三区革命力量。由于三区各族人民坚持斗争，终于粉碎了敌人的一切阴谋，使三区革命力量一直坚持到1949年9月新疆和平解放。