在中世纪阿拉伯地理学著作中，曾出现过“突厥斯坦”一词，意为“突厥人的地域”，是指中亚锡尔河以北及毗连的东部地区。随着历史的演进，中亚近代各民族相继确立，到十八世纪，“突厥斯坦”的地理概念已相当模糊，在当时史籍中也已基本无人使用。十九世纪初，随着帝国主义列强在中亚地区殖民扩张的深入，地理名词“突厥斯坦”重新被提出。１８０５年，俄国人季姆科夫斯基在使团出使报告中又使用了“突厥斯坦”的名称，用以从地理上表述中亚及中国新疆南部塔里木盆地。鉴于两地历史、语言、习俗的差异和政治归属的不同，他将位于“突厥斯坦”东部的中国新疆塔里木盆地称为“东突厥斯坦”，或称为“中国突厥斯坦”。十九世纪中期，俄国先后吞并了中亚希瓦、布哈拉、浩罕三汗国，在中亚河中地区设立了“突厥斯坦总督区”，于是西方一些人称中亚河中地区为“西突厥斯坦”，或“俄属突厥斯坦”，把中国新疆地区称为“东突厥斯坦”。

二十世纪初以后，极少数新疆分裂分子和宗教极端分子，受国际上宗教极端主义和民族沙文主义思潮的影响，根据老殖民主义者炮制的说法，将不规范的地理名词“东突厥斯坦”政治化，编造了一套所谓的“东突厥斯坦独立”的“思想理论体系”。鼓吹“东突厥斯坦”自古以来就是一个独立的国家，其民族有近万年历史，“是人类历史上最优秀的民族”；鼓噪所有操突厥语和信奉伊斯兰教的民族联合起来，组成一个“政教合一”的国家；否认中国各民族共同缔造伟大祖国的历史；叫嚣“要反对突厥民族以外的一切民族”，消灭“异教徒”，中国是“东突厥斯坦民族３０００年的敌国”，等等。所谓的“东突”理论形成后，形形色色的分裂分子都打着“东突”的旗号进行活动，企图实现其建立“东突厥斯坦国”的妄想。

从二十世纪初至四十年代末，“东突”势力在外国敌对势力的怂恿、支持下，多次制造动乱。１９３３年１１月，沙比提大毛拉等在喀什建立了所谓“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，但在新疆各族人民的反对下，不到三个月便垮台了。１９４４年，爆发了反对国民党统治的、作为中国人民民主革命运动一部分的“三区革命”（“三区”是指当时新疆的伊犁、塔城和阿勒泰三个地区），分裂分子艾力汗·吐烈（原苏联乌兹别克人）窃取了“三区革命”初期的领导权，在伊宁成立了所谓“东突厥斯坦共和国”，自任“主席”。１９４６年６月，“三区革命”领导人阿合买提江、阿巴索夫等撤消了艾力汗·吐烈的职务，将“东突厥斯坦共和国”改组为伊犁专区参议会，分裂势力受到了致命的打击。

新疆和平解放后，“东突”势力并不甘心失败。极少数逃到国外的新疆分裂分子和在境内的分裂分子里应外合，在国际反华势力的支持下伺机从事分裂破坏活动。尤其是进入二十世纪九十年代，在宗教极端主义、分裂主义和国际恐怖主义的影响下，境内外部分“东突”势力转向以恐怖暴力为主要手段的分裂破坏活动。一些“东突”组织公开宣扬要通过恐怖暴力手段达到分裂目的。在中国新疆和有关国家，“东突”势力策划、组织了一系列爆炸、暗杀、纵火、投毒、袭击等血腥恐怖暴力事件，严重危害了中国各族人民群众的生命财产安全和社会稳定，并对有关国家和地区的安全与稳定构成了威胁。

“９·１１”事件发生后，国际反恐怖斗争与合作的呼声日趋强烈，“东突”势力为了摆脱尴尬的处境，又一次打着所谓维护“人权”、“宗教自由”和“少数民族利益”的旗号，编造所谓“中国政府借机打击少数民族”的谎言，混淆视听，欺骗国际舆论，试图逃脱国际反恐怖主义的打击。